自古我国的州、县地名多以山川湖泊为名，然而，原属德州专署的恩县，其原名恩州的命名，却与历史上的一次真实的兵变有关。
话说，北宋仁宗时涿州（今河北涿县）人王则，荒年流亡到贝州，当年此地弥勒教盛行，王则便参加了弥勒教。宋庆历七年（1047年）冬王则与教首李教等密谋，准备于次年元旦起兵。后因兵变计划被泄露，不得已于冬至日发动了兵变。王则等控制了整个贝州，义军迅速扩张为数千人，战绩不断扩大。
宋仁宗诏河北转运使开封知府明镐、河北宣抚使文彦博，率兵立即赴贝州讨伐王则逆贼。明镐见贝州城峻不可攻，便佯攻其城北以牵制王则，而他却命士兵在城南门外凿挖地道。文彦博率兵到达贝州时，适逢地道已穿通城里，遂选壮士数人夜半入城。经一夜的激战，王则义军招架不住，开东门逃至村舍，贝州总管王信追而擒之。起事六十五天的这场兵变宣告失败。王则等首犯被押送东京（今河南开封）。宋仁宗赵祯皇帝亲审，只杀了魁首王则等几人，赦免了诸多的余党，故贝州人均没受到任何株连。
明镐、文彦博等为了讨好宋仁宗，借此来宣扬皇恩浩荡，便发起民众联名上书，请求将贝州改名为恩州。北宋庆历八年（1048年），改贝州为恩州，恩州之名自此开始。
金初（约1116年），恩州隶属大名府路，治历亭（治今武城县县城），领五县。
元至元二年（1265年），裁历亭县入恩州。
明洪武二年（1369年），降恩州为恩县（治今武城县城即老旧城），隶属东昌府高唐州。明洪武七年（1374年），恩县迁治许官镇（今平原县西恩城镇）。徙治于县东四十里许官屯（今恩城镇）为恩县县城。
清朝时，恩县属东昌府，分3个乡、36图、311个村庄。
民国时，恩县直属山东省政府管辖，分6个区222个乡镇572个村庄。
1949年8月13日，恩县改属河北省衡水专员公署。
1952年，恩县划回山东省，由德州专员公署管辖。
1956年2月24日，经国务院批准将恩县建制撤消。当时的恩县城关、四女寺、吕庄3个区的26个乡镇划归平原县；西南部的两个区14个乡划归夏津县；西部的旧城、滕庄两个区划归武城县。
今天，平原县的恩城镇，便是由原恩县城关演变而来的，现辖23个原城区的街道、城外村庄基本沿用旧名，原恩县文庙大院里的文昌阁今仍保存完整。